Låt oss idag prata om ett nyckelelement i PCR-experiment - förbrukningsvaror. Som en frekvent besökare på PCR är det nödvändigt att förstå egenskaperna och terminologin relaterade till PCR-förbrukningsartiklar.
Det finns ett brett utbud av PCR-förbrukningsvaror på marknaden, inklusive märken, specifikationer, färger, etc., som är bländande. Låt oss förstå det steg för steg.
pcr plåt
1. Material
Vanligtvis är råmaterialet för PCR-förbrukningsmaterial polypropen. Det är ett bra värmebeständigt inert material. Arbetstemperaturområdet är -30 till 140 grader, vilket gör det möjligt för den att motstå de termiska energiförändringarna under PCR-reaktionens termiska cykel, och spelar en bra roll för att täta och skydda substanserna i PCR-reaktionssystemet.
Lär dig mer om polypropen
2. Färg
Vanliga är vita rör och genomskinliga PCR-rör. I traditionella PCR-experiment finns det ingen skillnad mellan de två. Men i samma realtids-/qPCR-experiment var vita rör relativt mer känsliga och konsekventa för qPCR-instrument med apikala signalavläsningar (se figurerna A och B nedan). varför är det så här?
pcr-rör
A: lägre Ct-värden för vita rör jämfört med klara rör; B: bättre repeterbarhet med vita rör.
Kärndata för qPCR är Ct-värdet och fluorescenssignalen är datakällan för att beräkna Ct-värdet, så det är mycket viktigt om fluorescensen i röret kan överföras helt till detektorn. Den vita rörväggen förhindrar fluorescensen från att passera genom rörväggen och bryts (Figur A nedan), vilket förhindrar att fluorescensen överförs till värmeblocket (dvs. väggen i metallhålet där röret är placerat) och absorberas. eller inkonsekvent reflekteras av blocket. En starkare och mer koncentrerad fluorescerande signal uppsamlades vid spetsen av det vita röret jämfört med det klara röret (Figur B nedan).
pcr-rör
S: Den förändrade trenden för fluorescenssignalen i det genomskinliga röret och det vita röret; B: Fluorescensintensitetsjämförelsen efter tillsats av samma mängd fluorescein.
Så om du använder ett toppläsande qPCR-instrument, prova vita rör.
3. Kvalitet (Lean or Not Lean)
Vikten av förbrukningsmaterialkvalitet betonas här. qPCR-förbrukningsvaror måste vara fria från föroreningar och inhibitorer. Högt tryck och strålning tar bort bakterier och DNaser, men inte damm och DNA-rester, som kan hämma PCR-reaktioner eller producera ospecifik amplifiering. Ämnen har absorbans, och även små föroreningar kommer att absorbera fluorescensen i reaktionssystemet och påverka insamlingen av fluorescenssignaler. En överdriven version av experimentet användes för att demonstrera effekten av föroreningskontamination på experimentet. Som visas i figuren nedan placerades en förorening i en av oktavens reaktionsbrunnar. Som förväntat visade amplifieringskurvorna påtagliga anomalier.
Föroreningar i PCR-reaktionsrör
↑ Föroreningar i reaktionsröret
8 remsor
↑ Upprepade reaktionsresultat för 8 rör, den vänstra brunnsföroreningen "avviker" kurvan.
Påminnelse: Var noga med att inte utsätta förbrukningsvarorna för luft under en längre tid. Efter att ha tagit ut förbrukningsvarorna, se till att försegla förpackningspåsen snabbt för att undvika att röra den med bara händer. Arbeta om möjligt på en ren bänk.
4. Kapacitet / Storlek / Flux
Volymen avgör hur mycket prov (reaktionsvolym) som kan laddas. Överdosering kan resultera i minskad värmeöverföringseffektivitet, spill eller korskontaminering; underdosering kan resultera i förlust av avdunstningsprover. Värmeblocket för qPCR-instrumentet kommer också att bestämma tillämpliga förbrukningsvaror och tillämplig storlek på reaktionssystemet. Genomströmningen är lätt att förstå, det är det maximala antalet prover som kan laddas i ett enda experiment. Vanliga kapacitets- och flödesspecifikationer visas i tabellen nedan:
Enkelt rör/åtta rader {{0}}.2mL, 0.1mL
{{0}}brunnsplatta 0.2mL, 0.1mL
{{0}}brunnsplatta 0,2mL
Kapacitetsspecifikationerna är också generellt uppdelade i standard- och lågtyper, som visas nedan. Förbrukningsmaterial med låg profil har lägre höjd. Denna korta design minimerar utrymmet ovanför reaktionssystemet ("dödvolym" - den värdelösa delen), minskar effekterna av avdunstning under termisk cykling och gör det möjligt för värmemodulen att svepa runt den i större utsträckning för att förbättra värmeöverföringseffektiviteten. Därför är lågprofilrör också kända som "snabba" rör eller plattor.
pcr-rör
Påminnelse: Den vanligaste reaktionsvolymen är 20 µL, och det rekommenderas att använda ett reaktionsrör med liten volym på 0,1 ml eller en liten volym.
5. Väggtjocklek
Tjockleken på rörväggen påverkar direkt värmeledningsförmågan. PCR-förbrukningsvaror bör ha enhetlig väggtjocklek för att ge konsekvent värmeöverföring. Den ultratunna rörväggen är 50 procent tunnare än standardversionen, vilket ytterligare minskar den termiska barriären och ger snabbare och bättre svarseffekter. Därför, för att maximera effektiviteten av PCR-reaktioner och säkerställa stabila och effektiva reaktioner, är enhetliga och ultratunna PCR-förbrukningsvaror det bästa valet.
6. Transparens
Kapsyler och tätningsfilmer för qPCR kräver hög optisk klarhet för att säkerställa optimal penetration och överföring av fluorescerande signaler samtidigt som distorsion reduceras (för topplästa qPCR-instrument). Ju högre genomskinlighet av rörväggen, kan det påverka de experimentella resultaten. Orsaken har förklarats ovan. Traditionell PCR kan ignorera denna funktion.
7. Kjolar
Kjolen på en PCR-platta hänvisar till plattans perifera förlängning. När man bygger reaktionssystem fungerar kjolen som ett stabilt stöd för pipetteringsprocesser och ger mekanisk styrka och grepp i kombination med automatiserade arbetsstationer. Det finns tre vanliga typer av kjolar, halvkjolar och helkjolar (motsvarande A, B och C i figuren nedan).
Kjollös: Kan användas med de flesta PCR- eller qPCR-instrument, men inte för automatiserade applikationer. Lätt att flytta under pipettering, inte särskilt stabil, måste användas med tallrikshållare.
Halvkjolar: Idealisk för automatiserade applikationer med god pipetteringsstabilitet.
Full kjolplatta: Idealisk för automatiserade applikationer. God mekanisk hållfasthet, lämplig för PCR-instrument med utskjutande moduler, hög stabilitet vid pipettering.
pcr plåt
Tips: Kjolens betydelse är mer att underlätta industrialisering och automatiserad batchbearbetning, kombinerat med robotarmen. Det kanske inte behövs i traditionella forskningslabb, ingen kjol är tillräcklig.
pcr plåt
8. Parafilm
PCR-plattans tätningsfilm är gjord av klar plast eller aluminiumfolie. Självhäftande transparenta filmer är vanligare, lämpliga för plattor med 96 eller 384 brunnar och bör ha tillräckligt bra ljusgenomsläpplighet. Vid förslutning av filmen kommer ett litet kort att användas för att pressa filmen runt tätningshålet för att undvika luftläckage.
Självhäftande aluminiumfilmer kan vara mindre vanliga. Även om den inte är lämplig för qPCR, är den den idealiska förbrukningsvaran för ljuskänsliga prover. Eftersom den kan stansas underlättar den provöverföring i PCR (för konventionell PCR).
PCR-platta tätningsfilm
Sammanfatta
Som bärare av PCR-system är förbrukningsvaror mycket viktiga för att förbättra kvaliteten på experimentella data. Jag hoppas att den här delningen kan hjälpa dig att förstå några tips om PCR-förbrukningsartiklar och ge hjälp för bättre val av förbrukningsartiklar.
